区别是松软程度。

高中时曾沉迷烘焙，不喜欢照菜谱做菜的我当时就很费解，为什么做蛋糕的时候，蛋清和蛋黄要分开打发了，再混到一起烤。要给搅拌器多换个头真的很麻烦，所以初次戚风蛋糕，我果断把蛋清蛋黄混在一起打发。
结果呢，黑暗料理了呗。

后来查了资料，原来麻烦的事情都是有科学原理的。
在家里烘焙是很少使用蛋糕油的。所以蛋清打发至关重要。

蛋清混上糖粉打发，这个过程其实是让蛋白质轻微变性，蛋白质分子形成一层薄膜，包裹着空气。而在之后烘焙过程中，烘焙物内部空气膨胀，我们也就能够吃到多孔绵软的蛋糕或者饼干啦。

上图依次是蛋白的原始状态，湿性打发，干性打发。
湿性打发就可以做天使蛋糕了。干性打发的状态是糖蛋白黏在打蛋器上不往下滴，要到这个状态而不用电动打蛋器，我肯定会手残的。

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我们来把baked goods分四类好了。

1只用蛋清的，2蛋清蛋黄分开打发再混到一起烤的，3全蛋一起打发的，4只用蛋黄的。

1 有些baked goods只用蛋清，是为了体现蛋清打发后的松软。

典型例子就是
内心洁白的天使蛋糕（angel cake）
还有一些手指饼干也会只用蛋清。
给大家看一下，手指饼是内部很多空洞的。不过这个图里的应该是混了蛋黄，不然不可能这个颜色。
下面这个应该只用了蛋清


2.还有些蛋糕/饼干将蛋清先打发，然后混上打发的蛋黄。

原因：

蛋清完美打发的先决条件是，要在无油无水的状态下。而蛋黄的主要成分是脂肪，蛋白质反而是少数了。所以整个鸡蛋这样打发是非常难的。

想要保证蛋清营造的松软口感，又要混入蛋黄，那就分开打发，再混到一起烤好了。

例子就是戚风蛋糕 Chiffon Cake 大家可以看到内部颜色明显要比天使蛋糕黄很多（这就是蛋黄的功效）


3.全蛋液一起打发的。

这是全蛋打发的过程。

明显没办法打发成蛋清那样的发起程度，更别说那种类似固体的感觉了。
所以烤出来的蛋糕/饼干不会有那么多那么大的空洞，“细腻”很多。

蜂蜜蛋糕

大量的饼干都是全蛋打发的。像楼主说的跳棋饼干


4.只用蛋黄

只用蛋黄很大程度上是增加了'嘎嘣脆"口感，减少蛋清的弹性延伸性作用（也就是空气造成的蓬松质感）。
这种做法多见于饼干


值得一提的是此分类下，一款我和伙伴非常喜欢的玛格丽塔小饼干
为了让饼干极致地酥脆，它用大量玉米粉来取代低筋粉，蛋黄也是用熟的。熟蛋黄一碰就碎，所以这个饼干也完全没有延展性一压就成粉了，真的非常好吃呀。

推荐新手一开始学烘焙就做这个，完全不会出错。

~来~我附上做法~
（来自百度百科，全是错别字）



我总结一下吧，蛋清的作用是增加烘焙物内部空洞，增加松软口感，而蛋黄则是增加酥脆感。
所以题主说的两种跳棋饼干的做法，都是可以的。因为饼干制作起来，本来要求就没蛋糕那么高。如果你喜欢脆的，就用蛋黄，喜欢软一些的用全蛋液好了。

这个分类和举例是我针对题主问题想出来的，很多形容词也不专业。高手请指正 ╰(*°▽°*)╯

另外，刷蛋清也是蛋清的一个妙用。在入烤箱前刷一层蛋清，就会出来一层高亮坚硬的外壳。

我总觉得什么饼干刷上一层蛋清，都会有一种广东鸡仔饼的感觉

大家不觉得么，那种反光那种质感。。。

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update
看到评论了我update一下我的感想，烘焙的诀窍是精准的度量，达到使用标准的器材，还有严格按照步骤操作。新手出错大部分的原因是，随意找替代品，分量误差，步骤颠倒，烤箱定时不准。

很难有一种技艺入门诀窍可以这样简单，只有严谨二字。
你不出错，蛋糕饼干也不会出错。
哎呀这个还真不简单。