专业的说法是，二倍体生物在杂合状态下可以表现的基因就是显性基因，反之则是隐性基因。但我们可以更具体的解释这个问题，从承担生物功能的蛋白质的角度来解释。

假设一个基因 A 会被翻译为蛋白 F，对应的等位基因 a 是一个不发挥功能的突变体 f，那么一条含 A 的染色体（杂合体 Aa）蛋白 F 的表达量是 n，两条含 A 的染色体（纯合体 AA）的 F 表达量通常是 2n。如果这个蛋白 F 只要 n 就可以维持机体的进程，那显然一条还是两条染色体上有 A 来翻译为蛋白 F，生物体的表型是一样的，A 就是我们所谓的显性基因，对应的 a 便是隐性基因，这是常见情况。

那等位基因是怎么来的呢，等位基因通常是原有基因突变产生的，突变本身并没有好坏之分，在一定环境下，有的没有显著意义，有的扩大或缩小竞争优势。

那来一点变量，基因 A 翻译为正常的蛋白 F，等位基因 a 是表达突变体 f。突变体蛋白 f 效果非常强烈，只要表达便会使机体表型变化掩盖了 F 的表型，这个时候 a 便是显性基因，A 反过来成为隐性基因。

可能会有人产生疑问了，有没有可能杂合体 Aa 的表型和纯合体 AA、aa 的表型都不一样呢？答案是当然可能，这是基因的剂量效应，基因拷贝数越高，蛋白表达水平越高，表型越强烈。

还会有人会有疑问，常染色体的情况我都知道了，那如果一个显性基因只位于 X 染色体上不在 Y 染色体上，然后这个基因存在剂量效应，那是不是纯合子的雌性（XAXA）和雄性（XAY）的表型会不同啊？答案是不会，因为还有基因的剂量补偿效应，女性体细胞中的一条 X 染色体会在 lncRNA XIST 的介导下凝缩失活成为巴氏小体，维持两性表型的相对一致（这个效应的经典案例是三花猫，有兴趣的同学可以自行了解成因）。