从JJ的新版开始，也就是第11部已经重写了时间线和前面已经没联系了，相当于平行宇宙的概念，今年的12之前可以重刷一遍11丰富细节，虽然不看对剧情没影响但还是先了解下角色比较好，另外老版的第2部可汗之怒也有联系，这个联系主要是反派可汗，卷福的角色大半可能就是他，要补只需要补这两部，当然最主要还是11，JJ为了大多数观众已经把新版拍成了动作片招来一大波Trekkie吐槽，补课什么的实在不用纠结。

顺带说下，第2部可汗之怒也是电影版评价最高的，成功的塑造了反派可汗，也是工业光魔第一次制作全特效场景，并且首次在科幻电影中以海盗船的战斗方式呈现两艘太空船的战斗画面，之后的几部就没有参与了，直到JJ版本才再次找来工业光魔。

这个系列和《星球大战》系列不同，主要讲的是人类已经摆脱了贫困、饥饿，开始和不同种族的物种一起组成星际联邦，探索未知的宇宙。
以下引用飞翔科幻网（有兴趣的话可以去看看）

[主线故事]《星际旅行：原初系列》, TOS讲的是柯克舰长和他的”进取“号(Enterprise&Enterprise-A)的五年传奇历程,三人铁三角:柯克舰长,瓦肯混血儿史波克,万能医生麦考伊,都是给资深或是骨灰级爱好者准备的,因为很少有人能坚持看完一部66年电视剧,不管是拍摄手法还是特技还是剧情,己经不是很多人所能接受的了,所以除非你资历己深或是己经看完全部其它《星际旅行》,不要轻易去看.

[主线故事]《星际旅行：下一代》, TNG是”进取“号-D传奇故事的一个主线,讲光头舰长皮卡德和”进取“号(Enterpise-D&Enterprise-E)的探险故事,瑞克尔中校,DATA(数据)生化机器人科学官,及轮机长拉弗吉（鹰眼）等人均活跃在此剧集中,星际旅行的主线故事也是由此而展开,同时TNG还是百部最佳科幻电视剧的榜首,一个相当不错的选择.因为拍摄年代是在上世纪九十年代,拍摄手法,特技都在可接受范围,在延续TOS对大人文精神关怀的同时,讲述了人类勇敢探索未知之地的故事,可以说是精彩纷呈,推荐观看.

[入门故事]《星际旅行：进取号》, ENT是”进取“号传奇的开端,也是ST系列中最新一个系列,讲的是亚契船长和人类第一艘曲速5级的飞船”进取“号NX-01 (Enterprise NX-01)的故事,拍的有点不尽人意,所以在拍了四季后被迫停拍,但由于其讲述的是一段特定的历史时期--星际联邦成立之前,此时的人类科技并不十分发达,而且刚刚经历战争,正处于缓慢恢复时期,不过ENT系列制作最为精良,不管是特技还是剧情,都相当吸引人,成为目前人气最高的一部“星际旅行”系列,也是国内字幕组选择翻译的第一部ST系列,因此可以做为深入“星际旅行”庞大世界的入门首选.

[支线故事]《星际旅行：深空九号》, DS9是基于”星际旅行“故事框架而拍,和”进取“号系列关系不大,讲的是深太空九号空间站及”挑战“号的故事,也是”星际旅行“系列中唯一一部以太空站为主要场景的故事,其中涉及星际政治的成份较多,但该剧并没有显得沉闷,因为其中涉及到自治同盟及卡达西人、贝久人,可以说也是热闹非凡,本剧集属与皮卡德舰长同时代后期的支线故事,可在看完入门剧集后自由选择观看与否.

[支线故事]《星际旅行：航海家号》, VOY也是基于”星际旅行“的故事框架的支线故事,发生在DS9的中后期,紧接着皮卡德舰长的传奇而发展,和”进取“号系列关系不大,讲的是被守护者带到7万光年外的一艘联邦星舰”航海家“号七年的返乡之旅,银河系里最为恐怖的博格人在此系列中大量出场,场景的设计可圈可点,而且引入了不少轻松的元素,使人们在担心船员的去向问题的七年里,不至于沉闷与压抑,推荐作为精彩的旁线故事来看,与ENT关系不大.

[承接故事]《星际旅行：动画系列》, TAS则是70年代的动画片,90年代中国有引进,在很多电视台放过,当时的译名为《星际旅行》.相信不少人对”星际旅行“的第一段回忆就来自这部有点简单的动画片,看过动画片的孩子都会有深刻印象.还记得配音版片头柯克舰长说的话吗？
太空, 最后的前线. 这是太空船"进取"号的一次航行. 它在五年内的任务是: 探索陌生的世界, 寻找新的生命和新的文明, 前往人们从未探索过的地方. ──联邦星舰"进取"号舰长 詹姆斯·提比略·柯克

推荐一本《星际迷航-联邦星舰进取号完全图解》

谢邀。

还好有人介绍了电视剧了……所以我就说电影吧……
电影目前有十二部，原初的演员主演了前六部，下一代的人马主演了后四部，然后我们都知道的，一群年轻人主演了最新的两部。
每一部电影你都可以看作是柯南剧场版那样的东西来看，基本就是所谓的大事件，其中包括了
【剧透】
第一部里人类发射的航海家六号被机械种族发现然后横跨宇宙回来完成任务。第四部里他们不得不时间旅行回到过去的地球找两头座头鲸来拯救地球。第七部里两代舰长的历史性会面。第八部里下一代又时间旅行回去去拯救未来了。
【剧透结束】
不想再剧透所以不多说了，很多大事件都涉及地球毁灭什么的，总之看起来很带感，但是解决方式很幽默。
比较受欢迎的有第二部可汗之怒，当然我们都知道那句著名台词的
【剧透】
The needs of the many, outweigh the needs of the few, or the one.
因为有Spock之死，而且还引出了第三部寻找Spock，所以非常经典。
【剧透结束】
然后，最近的两部是一次重启，原版Spock通过红物质造成的黑洞进行的时间旅行造成了平行宇宙，从而有了和当初不一样的故事线，当然重启说好说不好的都有，我觉得重启是个聪明的办法，既能借用前人的素材还很受欢迎的任务，又能有所创新，比如说第十二部很多都建立在第二部的基础上。
在电影史上，这一系列是伟大的，也是褒贬不一的。据说可汗之怒还带动了VHS的普及度。
对于科幻电影的意义，我觉得这个问题很好：
为什么极客对《星际迷航》（Star Trek）如此痴迷？
能够培养出忠诚的愿意掏钱看科幻片的观众，我觉得是最大的意义了。

其实星际迷航各个系列的剧集与剧集之间、电影与电影之间除了共同的背景和编剧尽量去圆满的时间线之外，没有故事上的完全延续关系。所以网友转载文章中划分的主线、支线，仅仅算是时间线和飞船层面上的延续和分支。

但正是这种时间线上跨时代，多个分支的不同剧集，给星际迷航塑造了一个宏大的背景和虚构的历史。不同的剧集共同谱写了一部科幻的诗史。同时，这段虚构的历史又和人类真实历史相距足够接近，衔接得足够合理。使得观众愿意相信，星际迷航里的未来是目前最可信，或者最愿意接受的未来版本。

很多人可能看过一两部星际迷航的电影，或者几集电视剧，会被太空背景和一个个独立的故事所吸引。但当你真正看完一部部的剧集，一张星级迷航的编年史会逐渐的在你的脑中清晰起来。这时吸引你的不是一个个独立的故事，而是整整的一代又一代人，寄托着我们这代人对未来的憧憬而去冒险，去探索。

推荐看一下剧集《企业号》的片头曲 MV，这部剧虽然评价一般，但是片头确实是拍出星际迷航迷的心境的——星际迷航的编年史，是真实历史的承接。
http://www.youtube.com/watch?v=ZPn-lTytfGo