这种情况我也遇到过很多次。简单地说主要有两种方式：

加速飞行；

这是最简单的办法。飞机一般是根据飞行管理计算机算出来的经济巡航速度飞行的，为了赶时间，飞行员可以在一定程度上加速飞行（但不能超过机体所能承受的最大空速），就相当于，虽然你起跑晚了，但你跑得快些，没准儿也能拿个什么名次。不过这样做就是发动机耗损比较大、烧油比较多，不过我一般遇到飞机晚点起飞，飞行员都是采用这种方式； 

申请直飞；

这种方式要稍微麻烦些，毕竟还要地面的批准。民航客机一般不是直线飞行，比如从北京飞往上海，路线大致如下，所以某些情况下为了节省时间，可以跟地面申请跳过中间某些站点，尽量保持直线飞行。这方面国内似乎严格很多，欧洲和北美好像比较容易。

首都国际至上海虹桥（CA1831）航班，2013年12月25日，飞行路线示意图。

仅供参考。

在地球上两点之间最近的不是直线，而是大圆航线，因为地球表面是弧形的。不过这是理想化的航路，实际上的航路走向有很多因素影响。

最开始飞行高度不高，靠目视飞行的时候，大家肯定要找地标导航，比如河流，铁路，湖泊，还有要避开对飞行安全有影响的地形，这决定了航路不可能是直的。

后来飞机飞得高了，肉眼看不见地面了，飞机要靠导航台才能飞到目的地。导航台就成为构成航路走向的另一个因素了。在没有GPS的年代，飞机导航要依靠地面修建的导航台，导航台一般只覆盖几十到上百海里，那么从北京飞到深圳一路上就需要十几个导航台，导航台修建地方也是有选择的，要修在地势高的地方避免信号被地形干扰，要修在有人烟的地方，荒山野岭，维护起来是个问题，所以导航台的选址也决定了航路不可能是直的。

还有一些敏感空域肯定是没有民航航路的。

这里只说了导航对航路的影响，还有其他因素不说了。

不过有了卫星导航，我们有能力摆脱地面设备的限制来规划航路，航路会越来越合理。

波音737-800导航显示器

上图是我专门从微软模拟飞行中截的图（无气象雷达），网上也可以找到照片，但未必适合用来解答题主的疑惑。

这张图我模拟的是从洛杉矶起飞，飞往旧金山。图下方的三角形表示飞机，你可以看到一条不太直的线一路蔓延到300海里开外的旧金山国际机场（ICAO代码为KSFO）。一般人理解为，从洛杉矶飞往旧金山，就直接在两座机场之间拉一条直线就可以了，其实不然。

这条航线被几个四角星的点切分成好几条航段（为了简化，我只输入了几个VOR点），每个VOR点（甚高频全向信标）由三个字母代码表示（同名的VOR由其频率区分）。你可以看到，飞机当前不是要直飞KSFO，而是在飞往FIM甚高频全向信标，下一个是AVE，然后是ROM……一步一步，最后到达旧金山。

为什么要这样飞呢？理由很简单：导航。

民航客机搭载的导航设备有好几种，通常主要使用的有GPS、甚高频和惯性导航。其中惯性导航的误差会随着飞行时长的增加而增大，即使GPS精度很高，但仍然有一部分飞机需要通过地面导航台来进行位置和精度校准。这就是为什么飞机的航道经常是弯弯扭扭的原因。

其它的考虑因素主要是避开禁飞区。

仅供参考，如有纰漏，欢迎指正。

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